Deberías repasar le código porque veo varias cosas extrañas:
Código PHP:
if(isset($_SESSION["conectado"])){
header("Location: index.php");
}
Esto qué es? Si estás conectado te llevo a index.php?
La validación de datos la haces con JavaScript, pero además deberías también validarlos en PHP. Por seguridad.
Este código sólo es de registro, luego debería haber otro de loging.
Hay mil tutoriales de cómo hacer esto. Cuesta un poco entenderlo pero luego es sencillo.
Suerte.