Para resolver eso que dices puedes hacer algo sencillo
Código:
if (document.form1.db2.checked)
{
if (document.form1.db1.checked) {
var base2=" || site:version.com";
} else {
var base2=" site:version.com";
}
}else{
var base2="";
}
y así para los demás condicionales, o podrías hacerlo con un condicional terciario, pero así debería ir bien.
Saludos