alert con jquery

[darion]

Hola gracias a los dos por contestar , pero sigo sus consejos y no me aparece , el if funciona bien ya que le pongo un alert comun y corriente y lo genera sin problemas, y despues me envia a index.php , la verdad ya no se me ocurre mas nada ,le pongo el codigo completo a ver si me pueden ayudar

public function iniciar_sesion(){
$consulta="select * from usuarios where nombre_usuario='".$_POST["nombre_usuario"]."' and clave='".$_POST["clave"]."'";
$result=mysql_query($consulta,Conectar::con());
if (mysql_num_rows($result)== 0)
{
echo "<script language='JavaScript' type='text/javascript'>
jAlert('This is a custom alert box', 'Alert Dialog');
window.location.href='index.php';
</script>";
}
else
{
$_SESSION["caca"]=$_POST["nombre_usuario"];
echo "<script type='text/javascript'>
window.open('inicio.php','','status=0,scrollbars=0 ,width=1024,height=768,top=0,left=0,titlebar=0,men ubar=0,hotkeys=0,toolbar=0,resizable=1,directories =0,location=0')
window.open('','_parent','');
window.close();
</script>";

}

}
Muchas gracias