Básicamente todas las distribuciones son igual. De hecho el corazón del sistema o Kernel es el oficial en todas.
Ahora bien, las mayores diferencias las encontraras sobre todo en distribuciones comerciales, donde se han introducido herramientas para una facil instalación, detección de software etc..
Una vez dentro del sistema pocas cosas varian. Yo diría que la distro más clasica es Debian, en todo caso cuanto más austeras son mas moldeables se hacen al usuario, en esto último Gentoo es genial, viene a ser algo así como Hacer tu propio S.O
En cuanto al sistema de ficheros, herramientas y tal...esto no es como Windows, aquí hay un arbol de ficheros cristalino, a todo tienes acceso y todo es modificable y personalizable, desde los Script de inicio hasta la recompilación del propio Kernel, eso claro está si quieres, sino las distros comerciales son utilizables al 100% desde el momento en que las instalas, aunque esto puede redundar en una perdida de rendimiento que dado el nivel de los pc´s hoy en día quizá no tenga mucha importancia.
No se si contesto a tu pregunta, si ves que no, continua con ella....esta pregunta me atrae como la miel a las moscas
Saludos
Herje