No se que le paso al Screenshot, pero lo vuelvo a poner por ai a alguien mas le sirve.
Obviamente modificar directamente los modulos no es una buena idea, pero si es necesario y estas seguro de que no vas a tener cambios en el futuro no veo por que no hacerlo. Yo tengo mi propia Version de Drupal con el Core hackeado con funcionalidades que hacerlo mediante hooks no seria suficiente. Incluso si recorres un poco los foros vas a ver que la gente publica patch's para el core o para los modulos para requerir cierta funcionalidad extra, o corregir errores que no lo lograrias hacerlo de otra manera.