Una solución es definir una constante que sea la ruta al directorio raíz del sitio y usas esa constante para especificar todas las rutas. Acá te hago un ejemplo.
Supongamos esta estructura:
archivoBase.php
directorio/archivo.php
directorio2/archivo2.php
en directorio/archivo.php
Código PHP:
define('BASE_PATH', dirname(dirname(__FILE__)));
include(BASE_PATH.'archivoBase.php');
include(BASE_PATH.'directorio2/archivo2.php');
en directorio2/archivo2.php
Código PHP:
define('BASE_PATH', realpath(dirname(dirname(__FILE__)));
include(BASE_PATH.'archivoBase.php');
include(BASE_PATH.'directorio/archivo.php');
en archivoBase.php
Código PHP:
define('BASE_PATH', dirname(__FILE__));
include(BASE_PATH.'directorio2/archivo2.php');
include(BASE_PATH.'directorio/archivo.php');