Tengo un Dedicado pero aun no quiero comprar la Licencia de cPanel..

[Datacenter1]

Es posible utilizar un servidor con cPanel instalado sin usarlo, la desventaja es que tendrás ue hacer todo manualmente, crear dominios, cuentas, bases de datos, correos, etc

cPanel no permitirá que uses el panel cPanel o WHM, por lo que no tiene mucho sentido tener cPanel instalado pero sin usar, lo mejor es que pidas a tu proveedor una reinstalación, esta vez sin cPanel

Referente a tu duda, asegúrate de que estás en el document root correcto, esto lo puedes verificar en el archivo httpd.conf