El tema es simple: Hay más de dos tablas donde existe el campo COD_CIU.
Cuando se da ese tipo de casos es mejor no usar USING sino ON para establecer las relaciones:
Código MySQL:
Ver original c.nom_ciu,
e.raz_soc_emp,
eg.ape_egr,
eg.nom_egr
empresas_trabajo_egresado ete
ON e.nit_emp
= ete.nit_emp
INNER JOIN egresado eg
ON ete.num_ced_egr
= eg.num_ced_egr
INNER JOIN ciudad c
ON e.cod_ciu
= c.cod_ciu
En el caso de los JOIN con ON, el orden de las tablas en el ON debe respetar el orden de aparición de las tablas, especialmente en el caso de LEFT y RIGHT JOIN.
Nota: No es buena práctica hacer estas relaciones en el WHERE porque el WHERE no es optimizable y el FORM si. Como el WHERE es lo último que se aplica, ya ha leído todos los registros antes de aplicarlo y bien puede haber generado un producto cartesiano.