No se entiende bien tu problema. Si es que tu script queda cacheado pese a que has hecho un cambio, podrías resolverlo con algo como esto:
Código PHP:
<script type="text/javascript" src="scripts/index.js?<?php echo filemtime('scripts/index.js') ?>"></script>
O quizá con una cadena pseudoaleatoria (poco recomendable):
Código PHP:
<script type="text/javascript" src="scripts/index.js?<?php echo md5(time()) ?>"></script>