Error 500 no es un error de la base de datos, ni tampoco es un error de programación. Es un error "comodín" de parte del webserver, por lo que no se puede resolver ni en la base ni en el programa.
Lo esencial de ese problema lo puedes leer claramente explicado en
Error 5xx (googlear o wikipediar son una gran ayuda cuando hay problemas como este).
Lo primero que deberías hacer es revisar el Error log desde CPanel, o cualquier aplicacion que uses y te pueda dar acceso al log de errores del webserver (no al log de errores de MySQL).
Aquí tienes algunos detalles que pueden servirte de guia respecto a lo que puede causar un error 500:
HTTP Error 500