Hola
Bueno resolví mi problema finalmente, acá les dejo la solución, le puede servir a alguien.
Lo primero es que no estaba recorriendo bien la tabla en la "boucle for" y lo segundo es que cuando se crea un array asociativo con un for se debe hacer como lo hago en este ejemplo y no como lo hice en el primero.
Cita: $size_table=sizeof($genotype['cells'][1]);
for($j=2;$j<=$size_table+1;$j++)
{
$locus_name=$genotype['cells'][1][$j];
if ($genotype['cells'][2][$j] < $genotype['cells'][3][$j])
{
$allele_1= $genotype['cells'][2][$j];
$allele_2= $genotype['cells'][3][$j];
}
else
{
$allele_1=$genotype['cells'][3][$j];
$allele_2=$genotype['cells'][2][$j];
}
$file_locus[$locus_name]['allele_1']=$allele_1;
$file_locus[$locus_name]['allele_2']=$allele_2;
}
var_export($file_locus);
Y perdón por mi infracción, no sabía que lo que hice era una infracción (reflotear el tema).
Gracias