inserta lo siguiente
Código PHP:
<?php wp_list_cats(); ?>
en alguna parte (del sidebar, header, footer o donde tengas ganas)
ese comando te dara una lista completa de todas las categorias que tienes en tu wp
si te aparecen las nuevas categoria en esa lista, puede ser que el css (donde muestras las categorias y te da problema) este ocultadon tus nuevas categorias
tambien recuerda que WP tiene una funcion de "ocultar categorias" si es que no tienen post publicados.