prueba así:
Código PHP:
$("#flashcomment").html('<img src="images/ajax-loader.gif" align="absmiddle">').fadeIn('slow');
suponiendo que #flashcomment tiene display:none en la hoja de estilos...
cuando utilizas fadeIn() ya estás utilizando show() pero con un efecto, lo cual, si pones show() el fadeIn() no se ejecutará porque ya estás mostrando ese div.
otro punto en el que te debes fijar es que primero le tienes que decir en donde, luego qué y por último de que manera hacerlo. esto es, $('#capa').html('hola').fadeIn('slow')
un saludo