Hola te dejo una funcion que uso yo, quizas puedas adaptarla a tus nececidades
Código PHP:
function RestarHoras($horaini,$horafin){
$horai=substr($horaini,0,2);
$mini=substr($horaini,3,2);
$segi=substr($horaini,6,2);
$horaf=substr($horafin,0,2);
$minf=substr($horafin,3,2);
$segf=substr($horafin,6,2);
$ini=((($horai*60)*60)+($mini*60)+$segi);
$fin=((($horaf*60)*60)+($minf*60)+$segf);
$dif=$fin-$ini;
$difh=floor($dif/3600);
$difm=floor(($dif-($difh*3600))/60);
$difs=$dif-($difm*60)-($difh*3600);
return date("H:i:s",mktime($difh,$difm,$difs));
}
$horaini= date("H:i:s");
$horafin="00:00:00";
echo "Diferencia : ".RestarHoras($horaini,$horafin)."<br/>";