1º Checkea el include_path(para ver donde le estas diciendo que esta library) en el index.php.
2º En realidad tu _initPlugins no es necesario(siempre y cuando no tengas que pasar parametros en el constructor del plugin), lo podes hacer en el application.ini
Código INI:
Ver originalresources.frontController.plugins.Layout="My_Controller_Plugin_Layout"
resources.frontController.plugins.CheckAccess= "My_Controller_Plugin_CheckAccess"
Salu2.