jajaja ya solucione el problema y realmente me doy cuenta que soy un mono sin cabeza.
miren recien me di cuenta:
Código:
$bbcode1=array("/\[url=(.*?)\](.*?)\[\/url\]/is");
$html2=array("<a href=\"$1\" target=\"_blank\">$1</a>");
simplemente tenia que poner de nuevo el subparametro $1.
me di cuenta viendo como funciona preg_replace().