Reinstalar Windows y conservar los otros programas

[fondasopapo]

Hola, amigos:
Tengo un PC con varias particiones. Al reinstalar Windows XP y formatear lo hice dejando la C/: para el sistema sólo, e instalando todos los demás programas en otra partición, pensando en que cuando (como suele pasar) necesite reinstalar y formatear C, no tenga que hacerlo con todos los programas .
Sin embargo, estoy viendo que en C se han instalado una serie de carpetas, en Archivos de Programa, All users, etc, con nombres de programas que presuntamente están en la otra partición.
¿ësto quiere decir que de todos modos, si formateo C voy a tener problemas?
Un saludo