Bueno con esta pregunta se derivan muchas otras.
Si lo que quieres es migrar los datos que tienes en MySql a Sql Server en este caso deberías buscar en el oraculo (google) como migrar desde Mysql Sql Server
Si lo que necesitas es migrar el programa entero PHP y MySql a la red interna de tu empresa. Solo deberías redirigir el dominio
www.miempresa.com a otro servidor (o eliminarlo), y en un servidor interno (o el mismo) colocar la aplicacion PHP. Despues los usuarios podrán entrar a esta con una direccion IP interna del servidor asi
http://192.168.0.1 o la IP que tenga el servidor interno.
Si lo que quieres es que lo usuario accedan mediante un nombre a tu servidor internamente asi
http://miservidor necesitarias un servidor wins o simplemente modificar en los equipos cliente el archivo LMHOSTS que se encuentra en windows/system32/drivers/etc/ y colocar al final del documento algo asi 192.168.0.1 (tabulador) miservidor (tabulador) #PRE (tabulador) #DOM:MiDominio
Si no es ninguna de las anteriores por favor se mas explicito.