Sigues sin poner el codigo de la pagina que genera el PHP y el problema esta alli, no en el script de js.
puedes verificarlo con esto :
Código HTML:
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var cont=1;
function addRowX() //Esta la funcion que agrega las filas :
{
cont++;
var indiceFila=1;
myNewRow = document.getElementById('tabla').insertRow(-1);
myNewRow.id=indiceFila;
myNewCell=myNewRow.insertCell(-1);
myNewCell.innerHTML='
<select name="eje[]'+cont+'"/></select>';
myNewCell=myNewRow.insertCell(-1);
myNewCell.innerHTML='
<input type="text" name="cant[]'+cont+'"/>';
myNewCell=myNewRow.insertCell(-1);
myNewCell.innerHTML='
<input type="text" name="pre[]'+cont+'" />';
myNewCell=myNewRow.insertCell(-1);
myNewCell.innerHTML='
<input type="text" name="total[]'+cont+'" />';
indiceFila++;
}
function borrar() {
var table = document.getElementById('tabla');
if(table.rows.length > 2)
{
table.deleteRow(table.rows.length -1);
cont--;
}
}
function asigna()
{
valor=document.form.var_cont.value=cont;
}
<table id="tabla" border="1px">