El problema es que no le das tiempo al primer script de ejecutarse completo cuando ya estas cargando el segundo. Estas líneas de javascript se ejecutan casi simultáneamente:
parent.document.iframeTemas.location.href = "eliminar.php?id="+id";
parent.document.location.href = "frmTemas.php";
Entonces lo que puedes hacer es poner un delay entre las dos o ejecutar la segunda en el evento onload del iframe.
Claro que la solución real es simplemente hacer una petición a eliminar.php y que este redirija a frmTemas.php. Algo así:
Código:
<a href="eliminar.php?id=15" onclick="return confirm('Seguro?')">Borrar</a>
// en eliminar.php
$id = (int)$_REQUEST['id'];
// TODO: borrar el registro
$_SESSION['msg'] = 'Registro $id eliminado';
header('Location: frmTemas.php');
// en frmTemas.php
echo $_SESSION['msg'];
$_SESSION['msg'] = null;