Hola,
No se si te ayudará pero justo eso tuve que mirarlo hace unos días y este tutorial me ayudo:
http://cookbooks.adobe.com/post_How_...x_4-15726.html
Y yo los referencio poniendo <fx:Style source="Main_1.css"/> y poniendo el css en la misma carpeta que el .mxml.
Espero que te ayude.