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algo más básico que las respuestas anteriores....
Cita: La ruta relativa es el camino que en una estructura en árbol comienza a partir del sitio donde estamos situados.
Por ejemplo: si tienes un archivo archivo.php en el directorio htdocs y tú te encuentras situado en ese directorio el camino relativo para llegar a ese archivo sería: algo.php ó ./archivo.php (./ es el directorio donde nos encontramos), no es necesario hacer /home/dominio/htdocs/archivo.php que seria la ruta absoluta.
Saludos,
edito: no ví la última resp,
Quieres decir que subiste un archivo y no aparece en el directorio donde tú lo subiste??