Crear backup de varias bases de datos y tablas con MySQLDump

[cosmo_]

Backup de la base de datos test excluyendo las tablas prueba1 y prueba2:

mysqldump --ignore-table=test.prueba1 --ignore-table=test.prueba2 test > test.sql

Por lo otro una opción puede ser hacer una pequeña aplicación que haga eso que necesitas de 2 base de datos.

1. abrir el archivo modo añadir información
2.- escribir ahí los datos de la 2da. BD

Salu2