Dentro de un script no puedes pretender que te funcione el código de java, lo que va dentro de <script></script> se interpreta como javascript.
Tienes que convertir el destino a algo entendible por javascript o añadir un desvío a la ejecución normal que harías sin el alert.
Supongo que sin el alert, pones/recoges en un form el código del cliente, y al pulsar el botón ejecutas la acción que te dirige a otra jsp (o no).
Lo que tienes que hacer es llamar a BorrarCliente desde el onClick del botón y depués
Cita: <script type="text/javascript" language="javascript">
function BorrarCliente()
{
var resul = confirm('¿Desea borrar el cliente seleccionado?');
if (resul = true)
{
document.nombreDeTuFormulario.submit();
}
}
</script>
Siempre que mantengas el servlet como destino del form en el atributo action.