Hola
En vez de ocuar el "AutoGenerateDeleteButton", podrias usar un TemplateField, donde pongas un LinkButton y a éste, le programas el "OnClientClick" para que te muestre una alerta.
Algo asi:
<columns>
<asp:TemplateField>
<ItemTemplate>
<asp:LinkButton ID="LinkButton2" runat="server" CausesValidation="False" CommandName="Delete"
OnClientClick="return confirm('¿Está seguro que desea eliminar?')" Text="Eliminar"
Width="30px"></asp:LinkButton>
</ItemTemplate>
</asp:TemplateField>
</columns>
Algo asi hago yo, espero te sirva
Saludos