Tendría que ver todo el conjunto como trabaja. Pero como mencionas lo de los iframes, esta puede puede ser una solución alternativa, que se ajusta mas a tu post original
http://foros.emprear.com/html/dos-iframes/
y otra variante
http://foros.emprear.com/html/3frames/
ambas demos inician en index.html y en la fuente esta el javascript necesario
con lo que puedes cargar a.php yb.php y que cada una haga su trabajo
Saludos