Hola:
Tú mismo te estás contestando...
Código:
... dependiendo de el orden en el que los coloque...
javascript funciona secuencialmente, y como respuesta a eventos.
Si una librería programa el evento load, y luego otra lo vuelve a programar... las muy "puñeteras" les importa un bledo que ya se hubiese programado (no son perfectas, desde luego...)
Supongo que tendrás que meterte en sus entrañas, pero también deberías redefinir los métodos comunes (el odioso "$()")...
Saludos