No soy muy bueno con el archivo htaccess, en mi sitio también tuve problemas y desde el hosting lo corrigieron a este código que funcionó sin problemas (fíjate que hay pequeños cambios), prueba por si acaso. El código:
Cita: RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.dominio\.com [NC]
RewriteRule ^(.*) http://dominio.com/$1 [L,R=301]
