Los métodos set sirven para cambiar valores a los atributos de la clase una vez ya construída. En tu caso el constructor sería
Código:
public Expediente(String matricula, String nombre, String[] materias){
this.materias = materias;
this.nombre = nombre;
this.matricula = matricula;
}
Una vez creado el objeto, los metodos set siven para cambiar un valor, por ejemplo
Código:
Expediente exp = new Expediente("002","Alumno1",("Psicología","Álgebra","Civismo"));
exp.setNombre("Alumno2");