Probá así:
Código PHP:
<FORM method = " POST" ACTION="xxxxx.php" onsubmit="return confirm('¿El docente será eliminado de la base de datos... Desea continuar?')">
<b>Ingrese el DNI del docente </b><input type="Text" name="dni" size="8" maxlength="8"><br />
<tr>
<td align="left"><b>Ingrese Apellido del docente </b><input type="Text" name="apellido" size="30" maxlength="30"></td>
</tr>
<tr>
<td align="left"><b>Ingrese Nombre del docente </b><input type="Text" name="nombre" size="40" maxlength="30"></td>
</tr>
<tr>
<td align="center">
<input type="Submit" value="ELIMINAR DOCENTE">
<input type="Reset" value="BORRAR FORMULARIO">
</FORM>
Como verás, sacamos el onclick del botón y agregamos en el tag form un onsubmit.