hola, pues si lo que deseas es cambiar el formato de la url, en tu .htaccess deberías de poner lo siguiente, por ejem:
tu url es:
http://misitio.com/contenido.php?id=enlace y tu quieres que sea del formato,
http://misitio.com/enlace tu .htaccess debería de tener el siguiente code.
Código:
Options +FollowSymLinks
RewriteEngine on
Rewriterule ^(.+)$ $contenido.php?id=$2
Un saludo.