Organización de un proyecto C++

[sam90]

Yo primero en principal haria un archivo Makefile para no depender de codeblock o de Netbeans.
Este archivo le decis como compilar y te lo hace todo automatico ejecutando el comando make.

Todo lo que sea declaraciones de estructuras, encabezados de funciones y demas deberian in en los archivos .h

Con las variables globales vas a tener que tener cuidado. Solo las podes definir una sola vez. Despues tenes que hacer referencia mediante a extern si queres accederlas desde "otro archivo".

Es una buena costumbre usar esto en los .h:
#ifndef bandera
#define bandera
//Codigo del archivo
#endif

Eso evita que el compilador te declares varias veces los mismo. Cuando empiezas a poner muchos includes todos cruzados o anidados entre varios archivos .c para que cada uno tenga las definiciones correctas, te van a saltar muchos probleas de doble definicion. Con eso que te pase te puede ayudar a corregir las cosas.

Con respecto a como dividir las cosas. Eso depende de vos y de cuando te entiendas. Seria bueno que crees archivos para cada clase. Puede separar por usos las cosas. Por ejemplo como dijiste vos todo lo que tengo que ver con login lo pones en otro archivo.