Lo he solucionado (en cierta manera) sustituyendo el $.get por un window.open(), el problema es que me recarga la página y no quiero que eso pase...
Alguna forma mas elegante?
Código PHP:
$("a.saving").click(function(){
var linkpre=$("[name='iframe']").attr("src");
var extension=$(this).attr("id");
var linkact="save.php?&directory="+linkpre+"&ext="+extension;
window.open(linkact);
});