complicado explicar tanto detalle, pero lo que necesitas es una capa invisible y hacerla aparecer con el texto, a ver por parte...
CUIDADO CON CONFUNDIR TERMINOS! java y javascript NO son lo mismo.
CAPA INVISIBLE:
<div id='capa' style='position:absolute;left:300px;top:200px;visi bility:hidden;background-color:#9999FF"'>esto no se ve!</div>
y ahora para hacerlo aparecer y mostrar el mensaje: con javscript:
<input type="button" value="Mostrar" onclick="document.getElementById('capa').innerText ='Este es el mensaje de alerta!';document.getElementById('capa').style.vis ibility='visible';">
luego para cerrar la ventana (hacerla invisible de nuevo):
document.getElementById('capa').style.visibility=' hidden';
espero te sirva!