Estas tratando de acceder a memoria que no reservaste ¬¬, Cuando declaras tu estructura Sudoku declaras una matriz de 3x3 para tu panel
Código:
typedef struct
{
int espacios;
char partida [14];
char panel [3][3];
} Sudoku;
Pero utilizas un panel de 9x9, corrige eso y ya te muestra bien el tablero, aun asi tu programa tiene uno que otro error de logica.
Espero haberte ayudado
Saludos++