Cómo renombrar archivos con nombres inválidos

[usual_suspect]

No sé si te seré de mucha ayuda.
A mi me pasó exactamente lo mismo y sólo pude deshacerme de esos ficheros desde Linux, claro que tu dices que varias carpetas no te son accesibles desde allí.
Te dejo el enlace del foro donde posteé mi problema por si encuentras alguna idea:

http://foro.elhacker.net/gnulinux/iquestcomo_eliminar_dos_archivos_copiados_desde_li nux_con_caracteres_invalidos-t310850.0.html

*Yo no entiendo demasiado de Linux, no se tú, quizás lo de montar la partición NTFS con "ntfs-3g" como me sugirieron en una de las respuestas.