LAs windows api son un conjuntos de librerias y funciones que utiliza windows para crear las ventanas.
Usando c/c++ y otras lenguajes, windows perimite que accedamos a estas librerias y podamos crear nustras propias ventanas.
Aqui un poco de explicacion:
http://es.wikipedia.org/wiki/API_de_Windows
Ahora sobre como se usan, no tengo idea. Pero esta pagina es realmente buena y te enseña:
http://winapi.conclase.net/