Has asociado el mismo nombre del resultado del mysql_query() del primero al segundo?
Es decir:
$result=mysql_query($query1)
mysql_fetch_assoc($result);
$result=mysql_query($query2)
mysql_fetch_assoc($result);
si es así es normal que no se pueda, tienes que utilizar una variable distinta.
Pero tal como dice Synkronice es mucho mejor que nos proporciones la parte de tu código en cuestion... ya que no somos adivinos!
