si estas tratando con un formulario de uploads a veces no solo basta la configuración del php.ini, que si bien dices que si afecta unas opciones y otras no ya suena extraño...
sin embargo por parte del mismo formulario debes especificar un campo
hidden especificando el limite del peso para los archivos, quizá deberías leer el manual:
http://php.net/manual/en/features.file-upload.php