Personalmente la única forma que uso para detener el servicio es accediendo a los recursos de sistema, cosa que programo como tareas en ciertas aplicaciones que trabajamos en la empresa.
En cualquier caso, si lo que te interesa es detener el servidor, eso lo puedes hacer con el mysqladmin.exe, la aplicación de consola que viene en el paquete, y que te permite enviar directamente un comando shutdown al servidor para que se detenga.
Código SQL:
Ver originalC:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.0\bin>mysqladmin -uusuario -pclave proc shutdown
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| Id | USER | Host | db | Command | TIME | State | Info |
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| 12 | root | localhost:59542 | | Query | 0 | | SHOW processlist |
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Le forma e parar y arrancar el servicio de MySQL se describe en:
2.3.12. Arrancar MySQL como un servicio de Windows