no se a q te refieres con InnoDB; pero esa consulta me devuelve 2 registros.
Cita: SELECT *
FROM
histoclini hc INNER JOIN
mascota m ON hc.mas_id_FK = m.mas_id INNER JOIN
cliente c ON m.cli_id_FK = c.cli_id
INNER JOIN linea2 l2 ON m.lin_id_FK2=l2.lin_id2
WHERE
his_id>0
ORDER BY his_id desc;