Hola.
Si lo que quieres es crear cuentas para el ftp, yo te recomendaria que enlazaras el servidor ftp con mysql y asi los usuarios y sitios sonn simplemente un registro mas en una tabla (cosa de todos los dias con php), ademas puedes controlar las cuotas de transferencia entre otras cosas.
http://www.howtoforge.com/proftpd_mysql_virtual_hosting
Suerte.