Lo que haria el BAT seria unicamente llamar el comando FTP que es el que en realidad haria todo el trabajo. El comando FTP puede leer un archivo de texto en donde esten todos los comandos que quieras ejecutar automaticamente.
Por ejemplo, si en Windows ejecutas ftp -s:archivo.txt ftp.servidor.com
Lo que haria es conectarse a ftp.servidor.com y ejecutar los comandos que esten en archivo.txt
Las lineas que debe tener archivo .txt son:
Cita: nombreDeUsuario
contraseña
instrucciones ftp
...
bye