Ejecutar aplicacion en servidor

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porque no se el numero de archivos y ademas estos podrian tener jerarquia, es algo que ya habia pensado, pero ademas de eso tengo el problema de con ese metodo como logro que el usuario se crea que no me quedo con los archivos??(ya se que esto ultimo es algo que posiblemente no se pueda lograr...) Otra opcion que habia barajado es con un VNC multisesion ¿COmo lo veis?¿Cual me recomendariais?

un saludo y muchas gracias por las respuestas