Ejecutar aplicacion en servidor

[ads123]

Y como me recomendariais hacer esto?
Yo tengo una apicacion que he desarrollado para linux, Esa aplicacion para que funcione necesita unos archivos que me pasa el usuario, yo ejecuto esa aplicación y le devuelvo al usuario el resultado. El problema viene con esos archivos del usuario, que puede ser que el usuario no quiera que terceras personas tengan acceso a ellos (yo tampoco les quiero para nada), pero hay que darle al usuario esa confianza de que esos archivos van a estar seguros al subirlos y ejecutarlos con nuestro programa (que posteriormente les vamos a borrar, o que no les vamos a almacenar)¿Como podria lograr eso?¿Que recomendacion me dariais?

un saludo y muchas gracias