Ejecutar aplicacion en servidor

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Hola a todos, lo que estoy intentando hacer, y aun no tengo un camino de como hacerlo es una aplicacion en la que podamos ejecutar un programa que se encuentra instalado en el servidor pero con unos archivos que propios del usuario, que en un principio no deberia porque tener que subirlos(esta es la idea inicial, no creo que se pueda hacer sin subirlos), o que tenga que subirlos a nuestro servidor pero de una manera "limpia" o camuflada. ¿Como me aconsejais hacerlo? ya que me encuentro un poco perdido en estos momentos.

un saludo y gracias