Estimado Flaviovich.
La comparacion entre los campos ya la tengo lista y lo ise con la siguiente consulta, quizas les sea util mas adelante para alguna otra cosa.
Cita: Select Base1.campo1,Base1.name2, Base2.name2,Base2.name2
from
(select RST.name as NOMBRETABLA, RSC.name as NOMBRECOLUMNA
from sys.tables RST
inner join sys.columns RSC
on RST.object_id=RSC.object_id) Base1
left join (select PST.name as NOMBRETABLA, PSC.name as NOMBRECOLUMNA
from Base2.sys.tables PST
inner join Base2.sys.columns PSC
on PST.object_id=PSC.object_id
) Base2
on Base1.name2 =Base2.name2
and Base1.campo1=Base2.campo1