ya lo solucione... faltaban los parentesis
Código PHP:
//estaba asi:
$resultado = mysql_query("select registro.id, registro.nombre, registro.apellido
from registro, comunas
where comunas.comuna1='$comuna'
or comunas.comuna2='$comuna'
or comunas.comuna3='$comuna'
or comunas.comuna4='$comuna'
or comunas.comuna5='$comuna'
or comunas.comuna6='$comuna'
and registro.id=comunas.id
");
//y tenia q estr asi
$resultado = mysql_query("select registro.id, registro.nombre, registro.apellido
from registro, comunas
where ( comunas.comuna1='$comuna'
or comunas.comuna2='$comuna'
or comunas.comuna3='$comuna'
or comunas.comuna4='$comuna'
or comunas.comuna5='$comuna'
or comunas.comuna6='$comuna' )
and registro.id=comunas.id
");
saludos