hola yo de nuevo ya entendi ya lo aplique y esta solucionado, ahora lo dejo aqui por si a alguien le sirve, solo hice el cambio que me recomendaste iandrade, mil gracias
Código PHP:
Ver original$query="load data local infile '$ubicacion' into table Temporal fields terminated by ';' enclosed by '\"' lines terminated by '\n' (Nombre, Nacionalidad, Sexo, Domicilio, Edad, Fecha_nac, Lugar_nac, NSS, Puesto, Fecha_antiguedad, Cuenta_banco, Banco, Periodo_pago, Dias_pago_letra);";
y como podran observar lo único que cambia es la \r\n que yo tenia en lines terminated by por \n
muchas gracias iandrade