Dependiendo de para lo que lo necesites podrás solucionarlo de una forma u otra , pero como solución genérica, puedes hacer un matches("\\d*\\.\\d{3,}") después del parseDouble, el que lo cumpla tiene más de 2 decimales.
Edito:
http://www.regular-expressions.info/conditional.html no es válido, java creo que no admite condiciones en las regex.